L'Homme, bientôt maître et possesseur de la nature ?

Réflexions
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Ebloui par ses capacités rationnelles lui ont permis d'opérer un saut important dans la compréhension et la maitrise de son environnement, l'homme moderne croyait devenir possible la réalisation du rêve de prendre le dessus sur la nature au point où un Descartes projetait déja au XVIIe siècle, dans son "Discours de la Méthode", de « nous rendre comme maîtres et possesseurs de la nature ».
Cette prétention est compréhensible émanant d'une époque où l'on croyait que les animaux étaient constitués d'un assemblage de pièces tels des machines, ou que la matière était composée d'un amas de briques élémentaires indivisibles que l'on appelait "atomes" (terme dont la conception de l'époque était bien éloignée de la complexité que l'on connaît aujourd'hui et qui continue à poser de gros défis aux chercheurs...).
Paradoxalement, l'on assistait au fil du temps et des progrès scientifiques à l'inverse de ce qui était espéré au départ : plus les instruments de mesure et les données scientifiques s'affinaient, plus apparaissaient de nouveaux éléments et variables faisant démultiplier les problématiques de départ !
 
L'un des exemples parmi les plus frappants, pour rendre compte de cette complexité grandissante, c'est celui du monde du Vivant à échelle microscopique avec ses micro-organismes ;
La cellule vivante fut observée pour la première fois en 1665 par Robert Hooke, muni d'un microscope optique assez rudimentaire. Et ce n'est qu'un siècle et demi plus tard (1839 — Matthias Jakob Schleiden et Theodor Schwann —), grâce aux multiples améliorations de l'outil d'observation, que naquit la "théorie cellulaire" prouvant que l'ensemble des organismes vivants étaient constitués de "cellules".
C'est à partir de là que l'on commence à répertorier les micro-organismes de notre environnement, à commencer par certaines espèces bactériennes responsables des phénomènes de fermentation et de putréfaction. Quelque temps après fut établi, notamment grâce à Louis Pasteur et Casimir Davaine (années 1860), le lien de cause à effet entre bactéries et maladies infectieuses, point de départ de ce que l'on appelle "théorie microbienne". S'en est suivit la découverte des autres grandes familles de micro-organismes : levures, virus et protozoaires.
Le XXe siècle a vu les choses s'accélérer avec des observations de plus en plus détaillées de ce monde jusque-là invisible, ce qui avait permis de répertorier et de travailler sur un nombre grandissant d'espèces. Des applications pratiques ont alors vu le jour, à l'image du processus de stérilisation, celui de l'antiseptie... puis la découverte des antibiotiques avec la pénicilline (Alexander Fleming, 1928), substance qui n'est autre que le produit d'une moisissure du genre penicillium lui permettant de lutter contre les bactéries susceptibles de la concurrencer dans son milieu de vie.
Parallèlement au développement de la "théorie microbienne" qui mettait en lumière le rôle néfaste des micro-organismes, des chercheurs commençaient déjà, dès le début de ce XXe siècle, à entrevoir le potentiel bénéfique de certains microbes, à l'instar d'Elie Metchnikoff (associé de Pasteur à partir de 1888 et prix Nobel de physiologie en 1908 pour ses travaux en immunologie) qui défendait l'hypothèse selon laquelle la longévité et la bonne santé des paysans bulgares de son époque serait due à leur régime alimentaire axé sur les produits laitiers fermentés, riches en bacilles de fermentation (bacilles lactiques) renforçant la flore intestinale et ralentissant le processus de putréfaction, nuisible à la santé.
 
Il y eu ensuite les travaux de Robert Hungate (1906-2004) qui s'était intéressé à la cohabitation entre l'homme et ses bactéries intestinales, écosystème que l'on nomme aujourd'hui "microbiote intestinal".
René Dubos (1901-1982) avait quant à lui détaillé encore plus, à partir des années 1950, les rouages de cet écosystème complexe, fruit d'une longue coévolution au cours de laquelle étaient sélectionnées des espèces bactériennes non-pathogènes (ne rendant pas malade) pour vivre en symbiose avec notre organisme dans une logique de partenariat et d'entraide, avec un équilibre complexe dont seule la rupture pouvait réveiller leur virulence.
Puis, ce n'est qu'à partir des années 2000, avec l'avènement de nouvelles techniques de sequençage génétique, que l'on commença à entrevoir la réelle envergure de ce monde microscopique intimement lié à notre organisme, avec des chiffres qui donnent le tournis : à coté des 10 000 milliards de cellules que compte le corps humain, il y a dix fois plus de bactéries, c'est à dire 100 000 milliards ! localisés majoritairement au niveau de notre tube digestif (mais pas que : peau et téguments, muqueuses ORL et respiratoire, ophtalmique, génitale, urinaire — microbiote urinaire singularisé à partir de 2012 après avoir cru que l'urine était stérile, composé d'un minimum de 1300 groupes de micro-organismes différents –...).
La bouche à elle seule, réputée être une cavité assez propre de notre organisme, renferme plus de 320 familles bactériennes, avec plusieurs millions de germes par mililitre de salive. Et quand on arrive au colon, le chiffre peut atteindre 1000 milliards de bactéries par gramme de matière fécale ! , issues d'au moins 3000 espèces ayant pu être référencées jusqu'à ce jour. Beaucoup ne le sont pas encore du fait de l'impossibilité technique actuelle de les mettre en culture ou d'obtenir leur séquence génétique complète vu qu'elles se désagrègent quand elles sont tirées hors de leur milieu naturel (le fond de nos entrailles).
Il est utile de préciser ici que le nombre total d'espèces bactériennes vivant sur terre est estimé (mathématiquement) à un chiffre entre 100 et 1000 milliards d'espèces dont seulement 10 millions ont pu être décrites à ce jour, ce qui veut dire que 99,999% échappent encore à notre connaissance !
Et si notre microbiote "bactérien" conserve encore aujourd'hui une grosse part de mystère, que ce soit pour le recensement des différentes familles, la mise en évidence des mécanismes et règles régissant les interactions entre entités/ espèces, ceux relatifs aux interactions avec nos différentes cellules, avec notre système immunitaire, avec les aliments que l'on ingère, les processus en cause dans la transformation d'une bactérie pacifique en pathogène...(etc.), le mystère devient incommensurablement plus grand quand l'on s'attaque à la question du "virome", c'est à dire les virus que nous portons en nous et qui cohabitent et interagissent avec cellules et bactéries, dont le nombre est estimé à 10 fois le nombre bactéries.
 
Et si l'on veut compliquer encore plus la tâche, nous pouvons ajouter comme autres variables la flore fungique ("mycobiome" ou "fungome") avec ses différentes familles cohabitant avec tout ce bon monde, ou encore les micro-organismes (bactéries, virus, champignons, protozoaires...) portés par les autres espèces animales, dont la "carte" varie d'un animal à un autre. Il faut savoir que ces microbes sont susceptibles d'interagir avec notre organisme et ses convives, pouvant provoquer ce que l'on nomme "zoonoses", maladies infectieuses transmissibles de l'animal à l'homme, à l'image de ce qu'est la Covid19 (conformément à la théorie dominante aujourd'hui).
Et je termine ce récit statistique par un chiffre issu d'un article de 2019 de la revue "Nature"(*1) où l'on estime à environs 10 000 le nombre de familles de virus potentiellement pathogènes pour l'homme dont 200 seulement ont pu être décrites jusqu'ici ! A noter que les précédentes estimations parlaient plutôt d'au moins un million d'espèces susceptibles de nous nuire ! Nous en sommes donc encore à des calculs probabilistes assez disparates juste pour tenter de se faire une idée générale sur ce qui nous attend dans ce domaine micro-spécialisé de la science !
 
Pour revenir donc au doux rêve de Descartes, celui de devenir maîtres et possesseurs de la nature : pour que ça puisse se réaliser, il faudra d'abord arriver à maitriser le nombre gigantesque de paramètres régissant cette "symphonie de la vie". Il est clair, vu la masse d'informations dont il est question, que l'intellect humain avec des capacités limitées n'est pas capable de gérer une telle complexité.
 
Certains pourraient espérer compter sur des super-calculateurs ou des ordinateurs quantiques (encore à confectionner) pour les assister dans cette tâche titanesque, mais je rappellerais que la puissance de calcul ne suffit pas car il faudrait au préalable pouvoir assimiler la totalité des paramètres de base, puis les introduire un à un dans un système de traitement de données aprés avoir élaborer des algorithmes permettant de simuler les "lois de la nature" régissant la matière et le vivant, sachant que nous avons plusieurs "niveaux" imbriqués de lois (lois/ super-lois/ méta-super-lois...etc). Et pour passer ensuite du théorique à la pratique, faudrait avoir accès au niveau de la réalité à partir duquel s'expriment ces lois, ce qui impose de résoudre au préalable le "problème du statut des lois de la nature"(*2) qui semble être hors de notre portée.
 
Les plus optimistes pourront penser que nous y arriverons dans quelques siècles ou quelques millénaires. Faudrait déja que l'espèce humaine puisse survivre d'ici là avec une planète terre malmenée, aux ressources limités...
Je crois que nous avons déja là quelques éléments permettant d'expliquer (du moins en partie) la fébrilité du monde scientifique durant cette pandémie, perplexe devant tant de complexité et d'incertitudes, obligé de réagir vite malgré le manque de données, n'ayant pas le droit de frémir face aux attentes d'officiels et de citoyens paniqués ayant pour la plupart, jusqu'ici, une foi inébranlable en la capacité de la science à les guider vers une vie de moins en moins sujette aux aléas de la nature et de la maladie.
 
Et pourtant, il est bien possible de garder la tête froide et d'avancer avec humilité...
 
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(*1) https://www.nature.com/articles/s41559-019-0910-6.epdf
(*2) Petit extrait d'une conférence d'Etienne Klein pour se faire une idée sur le "problème du statut des lois de la nature" :
https://youtu.be/SCJDGuud52k